ディーラーのメカニックさんやあうぞーさん等に色々とお話を聞いた結果、ミニキャブ君がオーバーヒートした原因はこんな感じみたいです。

ラジエーターの電動ファンのモーターが壊れかけていて、電動ファンの起動時にとても重かった。その為、走行中に水温が上がって電動ファンが回ろうとした時、負荷が大きくてなかなか回らないので過電流が流れた。
※確かにこの日はいつも安定している電波時計についている電圧計が走行中で発電量が足りているはずにもかかわらず安定しなかった。これは回ろうとした→負荷が高くてなかなか回らず電圧が落ちる→なんとか回ったら負荷が軽くなるので電圧が戻るの繰り返しみたい。

上信越道を走っていて横川PAで休憩後、走り出したらすぐにオーバーヒートした。
※横川までは雨が降っていたので窓が曇るからエアコンを入れていました。横川を出た後は少し涼しくなったのと上り坂の為にエアコンを切りました。エアコンを入れていたおかげで少しだけ風が通っていたらしい。そのため、エアコンを切った途端に冷却が追いつかなくなった。

3気筒のエンジンで1気筒が半分お亡くなりに・・・
※縦置きのエンジンで一番熱がこもるらしい一番後ろ側の3気筒目が一番被害が大きかった。ディーラーで圧縮を測ってもらったら2気筒は13位あるのに3気筒目だけ8.5。オーバーヒートでヘッド(とブロックも?)が歪んで圧縮が抜けているみたい。

これじゃ、JAFさんとかディーラーで最初に水をチェックした際に「あれ?水はあるのにオーバーヒート?」という訳ですね。
まぁ、今はなんとかエンジンはかかりますし、ゆっくり街乗りをする程度ならば問題ないのですけれどね・・・